Tónlistarskóli Ísafjarðar starfar í samræmi við markmið aðalnámskrár tónlistarskóla.
Allir nemendur fá vetrareinkunnir fyrir ástundun og árangur á skólaárinu sem byggist á framförum þeirra yfir árið og frammistöðu á samæfingum og tónleikum.
Í skólanum er tvenns konar prófakerfi í hljóðfæraleik og söng: Áfangaprófakerfi og að hluta stigsprófakerfið sem var í gildi áður en áfangaprófin komu til sögunnar.
Áfangaprófin eru þrjú: Grunnpróf, Miðpróf og Framhaldspróf.
Skólinn býður nemendum upp á að taka 1. og 2. stig áður en að grunnprófi kemur, en það er að nokkru leyti sambærilegt við gamla 3. stigsprófið.
Þá býðst nemendum að taka 4. stig áður en kemur að miðprófi (en það er sambærilegt við gamla 5. stigið). Að miðprófi loknu geta nemendur tekið 6. og 7. stig, en síðast kemur framhaldspróf.
Nemendur taka einnig próf í tónfræðigreinum, fyrst í undirbúningsnáminu, opus 1, og síðar í Hlustun og greiningu sem leiðir til áfangaprófa í tónfræðigreinum.
Prófdómarar í áfangaprófum hafa hlotið sérstaka þjálfun á vegum prófanefndar tónlistarskólanna, en mjög strangar kröfur eru settar varðandi alla próftökuna til að tryggja hlutleysi prófdómarans og til að sú samræming náist, sem prófin eiga að leiða til.
Stigspróf eru dæmd af kennurum skólans.
Nemendur taka einnig vorpróf og fá þá stutta skriflega umsögn um flutning sinn.