Tónlistarskóli Ísafjarðar starfar samkvæmt aðalnámskrá Menntamálaráðuneytisins.
Allir nemendur fá vetrareinkunnir fyrir ástundun og árangur á skólaárinu sem byggist á framförum þeirra yfir árið og frammistöðu á tónleikum.
Í skólanum er tvenns konar prófakerfi í hljóðfæraleik og söng: Áfangaprófakerfi og að hluta stigsprófakerfið sem var í gildi áður en áfangaprófin komu til sögunnar.
Áfangaprófin eru þrjú: Grunnpróf, Miðpróf og Framhaldspróf.
Ekki komast allir nemendur svo langt að geta lokið grunnprófi, þannig að skólinn býður nemendum upp á að taka 1. og 2. stig áður en að grunnprófi kemur, en það er að nokkru leyti sambærilegt við gamla 3. stigsprófið.
Þá býðst nemendum að taka 4. stig áður en kemur að miðprófi (en það er sambærilegt við gamla 5.stigið). Að miðprófi loknu geta nemendur tekið 6. og 7. stig, en síðast kemur framhaldspróf.
Prófdómarar í áfangaprófum eru sérstaklega þjálfaðir af prófanefnd og koma utan skólans, en stigspróf eru dæmd af kennurum skólans.
Mjög strangar kröfur eru settar varðandi alla próftökuna til að tryggja hlutleysi prófdómarans og til að sú samræming náist, sem prófin eiga að leiða til á landvísu.